Por lo general siempre la idea es que el aire frio entre por la parte frontal inferior, por debajo de los discos, que pase en un principio por todos los PCI y AGP, y despues suba hasta el micro y los discos. Por ultimo sale expulsado por la fuente de alimentacion y por los ventiladores que suele haber al lado de los conectores de la placa, en la parte trasera.

Ademas por grande que sea, nunca va a llegar a tocar con la caja, y si estas pensando en que por alli pasan cables como los de los discos, piensa que esos cables deberian pasar por otro sitio, ya que le resta refigeracion al tipico ventilador de la CPU.